前回（BlenderでUnity向けにFBXをエクスポート：メッシュ編）から随分と経ちましたが，今回はアーマチュア（ボーン）を含めたUnity向けのFBXエクスポートについてのまとめです
リグを組む前から注意する点があるので，今回も順を追ってまとめていきます。
使用バージョンは2.79b。
準備
手動でアーマチュアをUnityの座標軸に合わせる
アーマチュアはメッシュと違い，エクスポート時のトランスフォームを適用する機能がありません。なのでUnityで配置した時に「Transform」の「Rotation X」に-90のオフセット値が加えられてしまいます。
これを相殺するため，Blender側であらかじめ「回転 X」に［90］を入力した状態にしておきます。
残念ですが，今のところこの対処法しかありません。必ずリグのコントローラーやアニメーションを制作する前に行います。後でこの対処をとるのは困難です。
ルートボーンを配置
必ずアーマチュア直下の原点にルートボーンを1つだけ配置します。Unityにインポートすると，このアーマチュア直下のボーンが「Skinned Mesh Renderer」の「Root Bone」として自動でアサインされます。
ルートボーンは垂直か水平にしておきます。自分の場合は，Blenderでボーンを追加した時の標準が上なので，そのまま垂直に上を向かせています（後述する「プライマリボーン軸／セカンダリボーン軸」の設定に関わってきます）。
頂点に影響するボーン数の制限
Unityでは，頂点が影響を受けることのできるボーンの数は，4本までに制限されます。デフォルトでは「Skinned Mesh Renderer」の「Quality」は［Auto］となっていますが，ゲーム制作では，2本に収めるのが一般的なようです。
ゲームでは通常、ビジュアル品質とパフォーマンスの妥協点となる、2本でのウェイトを使用します - スキンメッシュレンダラー - Unity マニュアル
きちんと負荷を気に掛ける場合は，明示的に設定してコントロールしたほうが良いです。
エクスポートの設定
メインタブ
アーマチュアのトグルをオンにしている以外は，前回のメッシュの時と設定は同じです。画像の通り設定しておけば大体の場面で問題ないかと思います。
設定がアーマチュアに対して大きく影響がある項目は「拡大縮小」「スケールを適用」です。前述しましたが，メッシュの時に座標を変換するのに使った「！実験的機能！トランスフォームの適用」は，アーマチュアに対しては適用されません。
アーマチュアタブ
アーマチュア専用の設定項目です。重要なのでひとつずつ見ていきます。
デフォームボーンのみ
ボーンの「変形」がオンになっているボーンのみをエクスポートの対象にすることができます。
主な用途は，Unityで使わないコントローラーのボーンなどをエクスポートの対象外にします。ちなみにボーンの「変形」がオフでも，オンの上層にあるボーンはすべてエクスポートの対象に含まれます。リグの構造に注意してください。
リーフボーン追加
末端の各ボーンごとに，ヘッドの代わりとして子ボーン（ゲームオブジェクト）が追加されます。
BlenderとUnityのボーンは仕組みが異なり，オフでエクスポートした場合は，末端のボーンにヘッドがありません。
プライマリボーン軸／セカンダリボーン軸
ボーンの軸（ロール）をインポートする環境向けに定義します。
アーマチュアの［表示］にある［座標軸］をオンにして，ルートボーンとUnityの座標軸に照らし合わせて設定します。ルートボーンのノーマル座標軸を参考にしてもOKです。
今回の場合，軸は上を向いているので，「プライマリボーン軸」をUnityの上にあたる［Y軸］に設定。「セカンダリボーン軸」はUnityの座標軸でいう「-X」を向いていますが，Blenderと異なる座標系を考慮して，反対にあたる［X軸］を設定します。
アーマチュアFBXノードタイプ
構造に関する設定のようですが，調べてみても詳細がよくわかりませんでした（Mayaのアトリビュートに関わる設定？）。
どう影響するかだけ試しましたが，どの項目に変更してもUnityでの影響は何も確認できなかったので，［NULL］のままでも問題は無いと思います。
おわりに
まだリリースされていませんが，本手順をBlender 2.8でも試してみました。エクスポートの設定項目はほとんど変わったところはなく，普通にエクスポートでき，インポートもできました。
次回まとめるならアニメーションかなと思っています。シェイプキー（ブレンドシェイプ）はエクスポートしたことが無いので，イチから調べつつ書くことになるのでもっと先になります。